Embora seja o bioma com a menor extensão territorial no Brasil, o Pantanal é dos mais exuberantes e o menos afetado: ainda mantêm 86,77% de sua cobertura vegetal nativa. A vegetação não florestal (cerrado, chaco, formações pioneiras e áreas de tensão ecológica ou contatos florísticos) domina 81,70% do bioma. Os tipos de vegetação florestais (floresta estacional semi-decidual e floresta estacional decidual) representam 5,07% do Pantanal. A maior parte dos 11,54% restantes foram alterados pela ação humana, na exploração da lavoura e na criação extensiva de gado em pastos plantados. Não à toa, é considerado pela UNESCO como Patrimônio Natural Mundial.
A Planície do Pantanal, que se estende pela Bolívia e Paraguai, possui seus limites marcados por variadas formações topográficas como chapadas, serras e maciços. Além disso é cortada por uma grande quantidade e variedade de rios, todos pertencentes à Bacia do Rio Paraguai. Do lado brasileiro, que compreende o norte, leste e sudeste, é delimitado por terrenos de altitude entre 600 e 700 metros; a oeste, estende-se até a Cordilheira dos Andes e se prolonga ao sul pelas planícies dos Pampas centrais.
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